Да, сотрудник обязан вернуть аванс, если первая поездка была отменена. Даже если сразу после выздоровления этот же человек поехал в командировку.
Аванс выдают под конкретную поездку, а не «на всякий случай» или «в целом на командировки».
Согласно Налоговому кодексу РФ (ст. 252), чтобы признать затраты, нужны документы, подтверждающие связь расходов с деятельностью налогоплательщика. При отмене командировки никаких затрат, связанных с деятельностью, не возникло — значит, средства выданы необоснованно.